Auf grosse Resonanz stossen auch die drei im Kloster untergebrachten Kunstsammlungen. Die Rheinfallsammlung von Peter Mettler umfasst Ansichten des Rheinfalls, die vor dem Jahr 1850, das heisst vor dem Bau der Eisenbahnbrücke entstanden sind. Ergänzt wird die Kollektion durch die Sammlung Wyser (über 300 alte Grafiken aus der Region Schaffhausen) und die Sammlung Rohr (alte Schaffhauser Landkarten).

Führungen durch die Sammlungen oder die Klosteranlage können auf Voranmeldung gebucht werden. Kosten punkt CHF 150.00